La Commune de Paris proclamée, il en est élu membre et s'occupe de la commission de l'enseignement, puis devient un des responsables de la Fédération des artistes. La destruction de la colonne Vendôme ayant été décrété, il en réclame l'exécution, ce qui le désignera ensuite comme responsable de sa destruction. Arrêté le 7 juin 1871, il est condamné à six mois de prison, mais la réaction conçoit ensuite le projet de lui faire payer la reconstruction de la colonne. Courbet se réfugie en Suisse, mais ses biens et tableaux sont saisis. Antiautoritaire (il s'était opposé au Comité de Salut Public), il participe le 1er août 1875, à un congrès de la Fédération Jurassienne à Vevey, où il s'était fixé, et où il meurt le 31 décembre 1877.

On peut citer parmi ses oeuvres, un magnifique portrait de Proudhon entouré de ses filles, ainsi que le tableau "L'origine du monde", qui fait toujours scandale chez les tenants de l'ordre moral.

"Je me suis constamment occupé de la question sociale et des philosophies qui s'y rattachent, marchant dans ma voie parallèlement à mon camarade Proudhon. (...) J'ai lutté contre toutes les formes de gouvernement autoritaire et de droit divin, voulant que l'homme se gouverne lui-même selon ses besoins, à son profit direct et suivant sa conception propre".

(Extrait d'un discourt de Courbet)